‘부부 공동명의 1주택’ 납세의무자 선택 허용[2025년 세법 시행령]

재경부, 2026년 세제개편 후속 시행령 개정안

간이정액환급에서 개별환급 시 제한 기간 폐지

개별환급서 간이정액환급 변경 시 2년→1년

서울 강북구 북서울꿈의숲 전망대에서 바라본 강북 지역 아파트 단지 모습.ⓒ뉴시스

정부가 부부 공동명의 1주택자 지분율과 무관하게 납세의무자를 선택하도록 허용한다. 관세 간이정액환급 적용여부 역시 중소기업이 관세를 환급받는 방식을 선택하도록 변경 제한 기간을 폐지하거나 단축한다.

재정경제부는 16일 이같은 내용의 ‘2026년 세제개편 후속 시행령 개정안’을 발표했다.

먼저 부부 공동명의 1주택에 대한 세제 적용이 완화된다. 앞으로 부부가 공동으로 소유한 1주택의 경우 지분율과 관계없이 납세의무자를 선택할 수 있도록 허용된다.

이에 따라 부부 중 누구든 특례주택을 취득하면 종합부동산세 부과 시 1세대 1주택 특례를 적용받을 수 있다. 해당 특례는 상속주택과 대체주택, 지방 저가주택에도 적용된다.

공익법인에 대한 행정 부담도 줄어든다. 한국학교와 공익법인 등이 매년 제출해야 했던 ‘의무이행여부 보고서’ 제출 의무가 폐지된다. 다만 국세청의 공익법인 의무이행 여부 점검은 기존과 같이 유지된다.

현행 제도상 공익법인은 연간 기부금 모금액과 활용 실적을 사업연도 종료 후 4개월 이내에 공개하고 관계 기관에 보고해야 한다.

납세자보호담당관의 세무조사 참관 대상이 기존 소규모 사업자에서 전체 사업자로 확대된다. 소규모 사업자 기준은 업종별로 농업 6억원, 제조업 3억원, 부동산임대업 1억5000만원 이하였으나, 앞으로는 전체 사업자로 확대된다.

중소기업의 관세 환급 제도도 개선된다. 수출용 원재료에 대해 관세를 환급받는 방식인 간이정액환급과 개별환급 간 선택 제한이 완화된다.

중소기업이 관세 환급 방식을 수시로 선택할 수 있도록 변경 제한 기간이 폐지·단축된다. 간이정액환급에서 개별환급으로 전환하는 경우 기존 2년 제한이 삭제되고, 개별환급에서 간이정액환급으로 전환할 경우 제한 기간은 2년에서 1년으로 줄어든다.

다만 소요량 계산 곤란 등 불가피한 사유가 있을 경우에는 제한을 두지 않는다.