위기지역 R&D 인력 채용…지방 ‘세컨드홈’ 세제지원 확대[2025년 세법 시행령]

재경부, 2026년 세제개편 후속 시행령 개정안

5억원 투자·10명 고용 시 소득세·법인세 감면

종부세 기본공제 12억원…고령자·장기보유 세액공제 적용

서울 중구 남산에서 바라본 서울 시내 아파트 단지 모습.ⓒ뉴시스

정부가 지역 성장과 지방 이전을 촉진하기 위해 위기지역 창업기업과 연구개발 인력 채용 기업에 대한 세제 지원을 강화하고, 인구감소지역 주택 취득에 대한 세제 혜택도 확대한다.

재정경제부는 16일 이같은 내용의 ‘2026년 세제개편 후속 시행령 개정안’을 발표했다.

먼저 기업의 지방 이전과 지역 내 투자·고용을 유도하기 위해 위기지역 창업기업에 대한 세액감면 요건이 신설된다. 고용재난지역, 고용위기지역, 산업위기대응특별지역 등 위기지역에서 창업한 기업이 해당 지역에 실질적인 투자와 고용을 창출할 경우 세제 혜택을 받을 수 있도록 했다.

구체적으로 해당 지역에 5억원 이상을 투자하고 상시근로자 10명 이상을 고용한 경우 소득세와 법인세를 5년간 100%, 2년간 50% 감면 적용한다.

연구개발(R&D) 분야 인재 유치를 위한 세제 지원도 확대된다.

연구개발 우수인력을 채용한 연구개발특구 입주기업에 대해서는 세액감면 한도가 늘어난다. 첨단기술기업과 연구소기업 중 생명공학산업과 첨단기술산업 등에 해당하는 기업은 소득세와 법인세를 3년간 100%, 2년간 50% 감면한다.

감면 한도는 투자누계액의 50%에 더해 상시근로자 수에 따라 1500만원이, 청년·서비스업·우수인력의 경우 2000만원이 각각 추가된다.

우수인력은 자연·이공·의학계열 박사학위 소지자 가운데 연구개발특구 입주기업에서 연구원으로 근무하는 인력으로 규정된다.

지방 부동산 경기 활성화를 위한 세제 지원도 함께 추진된다.

인구감소지역과 인구감소관심지역에서 주택을 취득한 경우 양도소득세와 종합부동산세 특례 적용 대상에 ‘비수도권 인구감소관심지역’이 추가된다.

비수도권 인구감소관심지역에서 1세대 1주택자의 세컨드홈 특례가 적용되는 주택의 가액 기준은 기준시가 4억원 이하로 정해진다.

해당 주택을 취득한 경우 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례가 적용되며, 양도소득세 비과세 기준은 12억원 이하, 초과분에 대해서는 장기보유공제 우대가 적용된다.

종합부동산세 역시 기본공제가 기존 9억원에서 12억원으로 확대되고, 고령자·장기보유 세액공제가 적용된다.

아울러 다주택자가 인구감소지역 주택을 취득할 경우, 올해 1월 1일부터 양도세와 종부세 부과 시 주택 수 산정에서 해당 주택을 제외한다.

한편, 비수도권 인구감소지역 주택은 9억원 이하, 그 외 지역은 4억원 이하로 가액 요건이 설정된다.