임상시험용역 계약도 부가세 과세된다

기획재정부, 국세예규심사위원회 개최 유권해석 결정

앞으로 임상시험용역 계약에도 부가가치세가 과세된다.

기획재정부는 국세예규심사위원회를 열고 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 유권해석일(3월17일) 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하는 분부터 과세하는 것으로 결정됐다고 13일 밝혔다.

당초 기재부는 임상시험용역의 부가세 과세여부에 대한 국세청 질의에 대해 법리적 관점에서 해석해 과세대사에 해당되는 것으로 유권해석을 내린 바 있다.

이같은 유권해석은 임상시험용역의 경우 '의약품 안전성 검사 등을 목적으로 정형화된 실험·측정방법에 따라 제약사에게 공급하는 시험용역'으로 영국 등 여러국가에서 과세하는 점을 감안했다.

하지만 국세예규심사위에서는 그간 병원 등 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고했으며 과세관청에서도 한번도 과세가 이뤄진 사례가 없는 등 납세자 신뢰보호라는 관점에서 해석했다.

이에 따라 유권해석일인 지난 3월17일 이후 최초 임상시험용역계약을 체결하는 분부터 과세토록 결정한 것이다.

임상시험용역에 대해 부가가치세를 과세하는 경우 의료기관과 제약사의 세부담이 증가하는 것은 아니라고 기재부는 설명했다.

기재부 관계자는 "과세시 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하며 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제받는다"고 말했다.