농지 출자 양도세 한도 폐지…농업 세제특례 14건 3년 연장

농업법인 출자 ‘이월과세’ 전환…2026년 1월 1일 적용

농협·산림조합 준조합원 비과세는 소득요건 따라 제외

농식품부 전경. ⓒ데일리안DB

농업인이 농지를 농업법인에 출자할 때 양도소득세 한도 제한이 사라지고, 농업용 기자재 영세율 등 농업 세제특례 14건의 일몰도 2028년 말까지 연장된다.

농림축산식품부는 농업 분야 세법개정안이 12월 2일 국회 본회의와 12월 23일 국무회의를 거쳐 2026년 1월 1일부터 적용된다고 밝혔다.

농식품부는 ‘조세특례제한법’ 개정에 따라 농업인이 농지를 농업법인에 출자할 경우 양도소득세 이월과세가 적용되도록 제도가 개선된다고 설명했다. 농업용 기자재 부가가치세 영세율 적용, 영농자녀 대상 농지 증여세 면제 등 농업 분야 특례 14건의 일몰 기한도 2028년 12월 31일까지 3년 연장된다.

그간 농업인이 농업법인에 농지나 초지를 출자할 때 양도소득세 한도(연 1억원, 5년 내 2억원)를 넘으면 초과분을 납부해야 했다.이 한도 규정이 대규모 농지 출자를 통한 공동영농 활성화에 제약으로 작용해 왔다.

이번 개정으로 농업인이 농업법인에 농지를 출자할 때 한도 제한 없이 양도소득세가 비과세된다. 이후 법인이 해당 농지를 양도하면 법인세로 양도소득세를 납부하는 방식으로 이월과세로 전환된다.

일몰 연장과 함께 농협과 산림조합의 회원(조합원·준조합원) 예탁금(3000만원 한도) 이자소득과 출자금(2000만원 한도) 배당소득 비과세 적용도 정비된다. 조합원과 총급여 7000만원(종합소득금액 6000만원) 이하 준조합원은 3년간 비과세 적용을 받을 수 있다.

반면 총급여 7000만원(종합소득금액 6000만원) 초과 준조합원은 적용 대상에서 제외된다.

지역농협·조합공동사업법인의 당기순이익에 대한 법인세 저율과세(9~12%) 적용도 3년 연장된다. 다만 당기순이익 20억원 초과분의 세율은 기존 12%에서 15%로 인상된다.

윤원습 농식품부 농업정책관은 “이번 농업 분야 조세특례 연장으로 농업인에게 지속적인 세제 혜택을 제공함으로써 농가경영안정에 보탬이 될 수 있기를 기대한다”고 밝혔다.